Les premiers éléments de PEAR étaient contenus dans le répertoire pear-core/ (once php-src/pear) et donc étaient intégrés à chaque nouvelle version de PHP.
Pour les versions futures de PEAR, ce mode de fonctionnement n'est plus envisageable car PEAR est devenu trop gros pour l'intégrer à toutes les nouvelles versions de PHP. Il a donc été décidé de commiter tous les nouveaux documents dans le répertoire PEAR. Les autres éléments qui restent dans le répertoire php-src/pear vont être déplacées dans la nouvelle arborescence prochainement. Seul le code du gestionnaire de paquet PEAR va restés intégré automatiquement à chaque release de PHP.
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